In het MMPI-2 programma worden antwoorden op de items van de MMPI-2 ingevoerd. Die antwoorden worden verwerkt tot een profiel en eventueel een Nijmegen Rapport. Zowel profiel als rapport kunnen toegankelijk gemaakt worden voor een tekstverwerkingsprogramma en de profielen kunnen ook gebruikt worden in tabellen. Al die verschillende vormen van informatie kunnen, en moeten ten dele, worden opgeslagen en om het overzicht te behouden biedt het MMPI-2 programma de mogelijkheid om de verschillende vormen van informatie in verschillende mappen te bewaren.
Gebruikers van voorgaande versies zijn wellicht gewend om na verwerking de scores in een apart bestand op te slaan (.res). Dit is niet meer noodzakelijk aangezien het MMPI-2 programma de scores automatisch herberekend bij het openen van een '.mpi' bestand.